Podstawowym obowiązkiem spoczywającym na podatniku VAT, zarówno czynnym, jak i zwolnionym, jest obowiązek dokonania zgłoszenia rejestracyjnego zgodnie z przepisami ustawy z dnia 11 marca 2004 roku o podatku od towarów i usług (dalej u.p.t.u.). W myśl art. 96 ust. 1 u.p.t.u., w zasadzie wszyscy podatnicy VAT są obowiązani przed dniem wykonania pierwszej czynności opodatkowanej złożyć naczelnikowi urzędu skarbowego zgłoszenie rejestracyjne VAT-R. Na skutek złożenia zgłoszenia rejestracyjnego VAT-R naczelnik urzędu skarbowego rejestruje podatnika oraz potwierdza na formularzu VAT-5 jego zarejestrowanie. Wydanie takiego potwierdzenia podlega opłacie skarbowej w wysokości 170zł.
Od 1 stycznia 2012 roku obowiązuje przepis art.25 ust.5a ustawy z dnia 2 lipca 2004 roku o swobodzie działalności gospodarczej, zgodnie z którym do wniosku o wpis do CEIDG przedsiębiorca może dołączyć zgłoszenie rejestracyjne lub aktualizacyjne, o których mowa w przepisach o podatku od towarów i usług.
Na obecną chwilę nie ma jeszcze wytycznych co do sposobu składania formularza VAT-R w gminie. Nie wiadomo czy to będzie dokument w wersji papierowej, którego to skan organ gminy prześle do właściwego naczelnika urzędu skarbowego, czy też stworzony zostanie jako załącznik do wniosku CEIDG w wersji elektronicznej. Należy jednak pamiętać, że zgłoszenie rejestracyjne VAT-R jest dokumentem o charakterze sformalizowanym. W istocie jest ono wnioskiem o wszczęcie postępowania w sprawie zarejestrowania podatnika. Stąd też w przypadku błędnie wypełnionego formularza VAT-R to organ podatkowy wezwie podatnika do uzupełnienia braków formalnych we wniosku, a nie organ gminy do którego wniosek został złożony.
Magdalena Misiak