Odpowiedzialność spółki za puste faktury wystawione przez pracownika bez jej wiedzy

Na wokandę Naczelnego Sądu Administracyjnego trafiła sprawa spółki, której pracownica, będąca kierownikiem jednej ze stacji paliw należącej do spółki, prowadziła bez wiedzy swojego pracodawcy handel pustymi fakturami. Faktury wystawiane przez pracownicę były powiązane z rzeczywistym obrotem realizowanym na stacji paliw i ewidencjonowanym za pomocą kas rejestrujących spółki. Do fałszywych faktur były dołączane paragony fiskalne, które jednak pochodziły z transakcji przeprowadzanych z podmiotami innymi niż określone na wystawionych fakturach VAT. Proceder wystawiania takich pustych faktur został ujawniony przez przedstawicieli zarządu spółki przy okazji kontroli krzyżowej prowadzonej przez urząd skarbowy. Pracownica przyznała się do nielegalnego wykorzystywania danych spółki, w której była zatrudniona i czerpania korzyści z wprowadzania do obrotu nierzetelnych faktur. Wobec pracownicy wszczęto postępowanie karne, w ramach którego pracownica zapewniała, że zarząd spółki nie wiedział o nielegalnym procederze, ale brali w nim udział również inni zatrudnieni na stacji paliw pracownicy, którzy gromadzili dla kierowniczki paragony fiskalne, za co byli wynagradzani. Organa podatkowe uznały, że tak wystawione faktury były tzw. pustymi fakturami oraz, że pracodawca nie dochował należytej staranności w tym, żeby zapobiec nierzetelnemu wystawianiu faktur. Wobec tego, organa podatkowe uznały, że w przedmiotowej sprawie zastosowanie znajdzie art. 108 ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług, 
a zatem spółka powinna zapłacić podatek wynikający z wystawionych pustych faktur. Łączna kwota podatku była niebanalna, bo wynosiła prawie 1,5 mln złotych.
Naczelny Sąd Administracyjny, pragnąc rozstrzygnąć spór, próbował dokonać analizy art. 203 dyrektywy 2006/12/WE w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej, zgodnie z którym każda osoba, która wykazuje VAT na fakturze, jest zobowiązana do jego zapłaty. Zdaniem sądu, wobec rozbieżności wykładni przytoczonego przepisu, w rozpatrywanych okolicznościach nie można jednoznacznie stwierdzić czy za „osobę, która wykazuje VAT” należy uznać:
–    podmiot (osobę) wykazany w treści faktury (pracodawcę) jako wystawca faktury, którego danymi posłużono się bez jego wiedzy i zgody, czy
–    osobę (pracowni...