Stosowanie dwóch prewskaźników w rozliczeniu VAT przez Gminę

Drugi prewspółczynnik obliczany jest ze wzoru MF. Dochody ujmowane w mianowniku obliczane są jako dochody ze zbiorczego Rb-27 S rocznego pomniejszone o odsetki od środków na rachunkach bankowych, dywidendy, darowizny, zwroty z Urzędu skarbowego z tyt. rozliczenia podatku VAT, dochody wykazane w sprawozdaniach Rb-27S szkół i GOPS, wydatki ze sprawozdań GOPS i szkół pomniejszone o dochody wykazane w Rb-27S, dotacje dla GOK, GBP i klubów sportowych, środki dla innych gmin na współfinansowanie transportu, środki przekazywane tytułem partycypowania w kosztach inwestycji drogowych, środki przekazywane do związków komunalnych. Tak obliczony prewspółczynnik wykorzystywany jest do odliczania VAT od zakupów związanych z bieżącą działalnością urzędu. Czy taki sposób obliczania prewspółczynników jest poprawny? Czy możemy stosować obydwa ww. prewspółczynniki?
Gmina wystawia faktury za wodę i odbiór ścieków. Nie mamy zakładu ani spółki, która zajmowałaby się gospodarką wodno-.ściekową. Czy jeśli do roku 2016 odliczaliśmy VAT w pełnej wysokości od wydatków inwestycyjnych związanych z gospodarką wodno-ściekową, to czy obecnie powinniśmy dokonywać korekty 10-letniej od środków trwałych jeśli indywidualny prewspółczynnik dotyczący gospodarki wodno-ściekowej obliczony na podstawie zużycia wody i ścieków wynosi 99%?

Odpowiedź
Gmina może stosować dwa prewskaźniki i rozliczać je odrębnie. 
Korekty dokonuje się zgodnie ze wskaźnikami wyznaczonymi na podstawie danych rzeczywistych zgodnie z art. 90c ustawy. Zatem, jeżeli Gmina odliczała VAT w 100% a finalny wskaźnik wynosi 99%, to należałoby złożyć korektę.

Uzasadnienie
Zgodnie z  art. 86 ust. 2a ustawy o VAT, w przypadku nabycia towarów i usług wykorzystywanych zarówno do celów wykonywanej przez podatnika działalności gospodarczej, jak i do celów innych niż działalność gospodarcza, gdy przypisanie tych towarów i usług w całości do działalności gospodarczej podatnika nie jest możliwe, kwotę podatku naliczonego, oblicza się zgodnie ze sposobem określenia zakresu wykorzystywania nabywanych towarów i usług do celów działalności gospodarczej, zwanym dalej “sposobem określenia proporcji”. Sposób określenia proporcji powinien najbardziej odpowiadać specyfice wykonywanej przez podatnika działalności i dokonywanych przez niego nabyć.  Dzieje się tak, jeżeli:

1. zapewnia dokonanie obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego wyłącznie w odniesieniu do części kwoty podatku naliczonego proporcjonalnie przypadającej na wykonywane w ramach działalności gospodarczej czynności opodatkowane oraz
2. obiektywnie odzwierciedla część wydatków przypadającą odpowiednio na działalność gospodarczą oraz na cele inne niż działalność gospodarcza, gdy przypisanie tych wydatków w całości do działalności gospodarczej nie jest możliwe.

Minister Finansów wydał 17 grudnia 2015 r. rozporządzenie w sprawie sposobu określania zakresu wykorzystywania nabywanych towarów i usług do celów działalności gospodarczej w przypadku niektórych podatników, określając stosowne wzory pozwalające przyjąć proporcje odliczenia dla wybranych podatników.
Powyższy akt adresowany jest m.in. do jednostek samorządu terytorialnego, przez które prawodawca rozumie urząd obsługujący jednostkę samorządu terytorialnego, jednostkę budżetową, zakład budżetowy. W § 3 ust. 1 ww. rozporządzenia wskazano, że w przypadku jednostki samorządu terytorialnego sposób określenia proporcji ustala się odrębnie dla każdej z jednostek organizacyjnych jednostki samorządu terytorialnego. W § 3 ust. 2 określono wzór dla urzędu jednostki samorządu terytorialnego, który zakłada porównanie wielkości rocznego obrotu z działalności gospodarczej urzędu z całokształtem rocznych obrotów urzędu, przy czym kategoria obrotu całkowitego oparta została tu na kryterium dochodu wykonanego (zdefiniowanego w rozporządzeniu w § 2 pkt 10). W pewnym uproszczeniu można powiedzieć, że przyjęta tu konstrukcja sprowadza się do konieczności uwzględnienia po stronie obrotu całkowitego (a więc w mianowniku danego wzoru) wszelkich źródeł finansowania działalności gminy (w tym np. środków unijnych czy subwencji).
Temat ten analizowany był przez orzecznictwo sądów administracyjnych np. Naczelnego Sądu Administracyjnego z 26 czerwca 2018 r., sygn. akt  I FSK 219/18  oraz kolejne orzeczenia tego sądu z 19 grudnia 2018 r., sygn. akt  I FSK 1448/18; sygn. akt  I FSK 715/18  oraz z 10 stycznia 2019 r. sygn. akt  I FSK 1662/18.
Rozważając kwestię sposobu określenia proporcji odliczenia podatku naliczonego w ramach prowadzonej przez gminy działalności wodno-kanalizacyjnej, sądy przyjęły, że cechy konstrukcyjne systemu VAT uzasadniają wykładnię art. 86 ust. 2a-2b i ust. 2h ustawy o VAT, dopuszczającą możliwość określenia proporcji odliczenia podatku naliczonego w odniesieniu do konkretnego rodzaju działalności wykonywanej przez gminę. Podkreślić należy, że wybór metody kalkulacji został pozostawiony podatnikowi, co nie oznacza jednak dowolności w odliczeniu.
Metoda ustalenia prewspółczynnika musi bowiem odpowiadać kryteriom przewidzianym w  art. 86 ust. 2a-2b ustawy o VAT
Cechy konstrukcyjne systemu VAT uzasadniają wykładnię ww. przepisów dopuszczającą możliwość określenia proporcji odliczenia w odniesieniu do konkretnego rodzaju działalności wykonywanej przez gminę. Podejście takie uwzględnia złożoną strukturę działań realizowanych przez jednostkę samorządu terytorialnego i urzeczywistnia uprawnienie podatnika do wyboru metody najbardziej reprezentatywnej, pozwalając na poszukiwanie klucza odpowiadającego specyfice realizowanej działalności i dokonywanych nabyć, a w rezultacie na odliczenie podatku w proporcji możliwie najbardziej odpowiadającej związkowi zakupów z działalnością opodatkowaną.
W przypadku działalności wodno-kanalizacyjnej mamy do czynienia z sytuacją, gdzie specyfika tego rodzaju działalności przejawia się w odwrotnej proporcji czynności opodatkowanych w stosunku do niepodlegających VAT. Działalność wodno-kanalizacyjna jest bowiem w głównej mierze działalnością gospodarczą, zaś działania podejmowane w innych niż gospodarczy celach mają tu znaczenie marginalne. O ile zatem prewspółczynnik proponowany w rozporządzeniu odpowiada charakterowi określonych obszarów działalności gmin, to nie uwzględnia specyfiki działalności wodno-kanalizacyjnej. Dodatkowym argumentem jest potrzeba zagwarantowania równych zasad odliczenia podatku VAT w sferze działalności wodno-kanalizacyjnej niezależnie od formy prawnej, w jakiej jest ona wykonywana (tj. samodzielnie czy przez spółkę komunalną). Przyjęty w rozporządzeniu sposób kalkulacji prewspółczynnika powoduje, iż w zależności od tego czy infrastruktura wodno-kanalizacyjna znajdowałaby się w urzędzie obsługującym jednostkę samorządu terytorialnego, jednostce budżetowej bądź zakładzie budżetowym, to prawo do odliczenia podatku naliczonego od wydatków związanych z przedmiotową infrastrukturą przy zastosowaniu prewspółczynnika właściwego dla jednostki/zakładu kształtowałoby się na innym poziomie, mimo że obiektywny zakres wykorzystania infrastruktury nie uległby żadnej zmianie. W konsekwencji, zakres prawa do odliczenia zgodnie z rozporządzeniem byłby uzależniony od formy organizacyjno-prawnej jednostki organizacyjnej wykorzystującej infrastrukturę, a nie od obiektywnych kryteriów.
Proporcja z rozporządzenia nie tylko nie odpowiada specyfice wykonywanej przez Gminę działalności w sferze wodno-kanalizacyjnej i specyfice związanych z nią wydatków, ale zupełnie tej specyfiki nie bierze pod uwagę. Nie tylko nie uwzględnia sposobu wykorzystania rzeczonej infrastruktury, ale także nie pokazuje stopnia jej wykorzystania do czynności opodatkowanych. Tym samym w przypadku oczywistej nieadekwatności prewspółczynnika z rozporządzenia zastosowanie znaleźć powinien  art. 86 ust. 2h  ustawy.
W opinii Sądów, w świetle  art. 86 ust. 2a i ust. 2b  ustawy o VAT możliwe jest zastosowanie różnych sposobów określenia proporcji (prewspółczynników) w odniesieniu do różnych sektorów działalności jednego podatnika. Stanowisko w tej kwestii znajduje się w wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Łodzi z 25 czerwca 2019 r. sygn. akt  I SA/Łd 223/19  (publ. w CBOSA). Sąd zauważył, że wyrazem normatywnej akceptacji możliwości stosowania wielu prewspółczynników przez jednego podatnika jest treść § 3 ust. 1 rozporządzenia, która wprost stanowi, że w przypadku jednostek samorządu terytorialnego (np. gmin) prewspółcz...