Z powołanej uchwały 7 sędziów NSA z dnia 24 października 2011 roku sygn akt I FPS 9/10 wynika, że w świetle art. 86 ust. 1 oraz art. 90 ust. 1 i 2 ustawy o VAT czynności niepodlegające opodatkowaniu VAT nie mogą wpłynąć na zakres prawa do odliczenia podatku naliczonego przy zastosowaniu art. 90 ust. 3 ustawy o VAT.
W świetle obowiązujących na gruncie krajowym przepisów, art. 90 ust. 1-3 ustawy o VAT stanowił wdrożenie art. 173 i 174 dyrektywy 112 (poprzednio art. 17 ust. 5 i art. 19 Szóstej dyrektywy Rady z dnia 17 mają 1977 r. w sprawie harmonizacji Państw Członkowskich w odniesieniu do podatków obrotowych – wspólny system podatku od wartości dodanej). Podkreślić należy również, że przepisy zawarte w art. 90 ustawy o VAT znajdują zastosowanie wyłącznie
w odniesieniu do czynności wykonywanych w ramach działalności gospodarczej w rozumieniu ustawy. Dotyczą zatem czynności podlegających opodatkowaniu (opodatkowanych i zwolnionych). Natomiast nie dotyczą czynności, których wykonanie nie powoduje konsekwencji podatkowych, gdyż nie podlegają one przepisom ustawy o VAT. W związku z tym należy stwierdzić, że czynności niepodlegające opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług nie mogą być uwzględniane w proporcji, o której mowa w art. 90 ust. 2 i 3 ustawy o VAT.
Przy rozpatrywaniu ww. uchwały należy przede wszystkim uwzględnić orzecznictwo Trybunału Sprawiedliwości, zwłaszcza w odniesieniu do wyrażonej w uchwale kwestii przyznania prawa do pełnego odliczenia VAT wynikającego z wydatków związanych zarówno z czynnościami opodatkowanymi oraz z czynnościami niepodlegającymi ustawie o VAT. W tej kwestii Trybunał Sprawiedliwości wskazuje, że jeżeli towary i usługi są wykorzystywane przez podmiot w celu dokonywania jednocześnie transakcji gospodarczych dających prawo do odliczenia i transakcji gospodarczych niedających prawa do odliczenia, odliczenie jest dopuszczalne jedynie w części podatku VAT, który jest proporcjonalny do kwoty przypadającej na pierwsze transakcje, i krajowy organ podatkowy może przewidzieć jedną z metod ustalania prawa do odliczenia wymienionych w art. 17 ust. 5 VI dyrektywy (obecnie art. 173 dyrektywy 112). Jeżeli towary i usługi są jednocześnie wykorzystywane do działalności gospodarczej i do czynności innych niż działalność gospodarcza, art. 17 ust. 5 VI dyrektywy nie znajduje zastosowania, a metody odliczenia i podziału są określane przez państwa członkowskie, które przy wykonywaniu tego prawa powinny uwzględniać cel i systematykę VI dyrektywy i w tym celu przewidzieć metodę obliczania rzeczywiście odzwierciedlającą część wydatków faktycznie przypadających odpowiednio na każdy z tych dwóch rodzajów działalności.
Skoro zatem art. 90 ust. 3 ustawy o VAT stanowił wdrożenie art. 17 ust. 5 VI dyrektywy to faktycznie nie może mieć on zastosowania do czynności niepodlegających opodatkowaniu VAT. Trybunał Sprawiedliwości w swoim orzecznictwie wyraźnie wskazał, że art. 17 ust. 5 VI dyrektywy dotyczy podatku naliczonego, który łączy się jedynie z wydatkami związanymi wyłącznie z transakcjami gospodarczymi.
Ustawodawca polski nie określił metod i kryteriów podziału między czynnościami podlegającymi podatkowi VAT i czynnościami będącymi poza zakresem VAT. Jednak fakt ten nie może powodować, że zostanie podatnikowi przyznane pełne prawo do odliczenia VAT również w odniesieniu do tej części, która związana jest z czynnościami będącymi poza systemem VAT. Taka wykładnia byłaby sprzeczna z treścią art. 168 dyrektywy 112 oraz zasadą neutralności VAT. Celem określenia wspomnianych metod i kryteriów podziału między czynnościami podlegającymi VAT i czynnościami będącymi poza zakresem VAT jest umożliwienie określenia podatnikowi w sposób jak najbardziej precyzyjny części VAT, która przypada na czynności dające mu prawo do odliczenia. Natomiast brak skorzystania z uprawnienia przez państwo członkowskie nie może być odczytywany w sposób zaprzeczający wspólnemu systemowi VAT.
Podsumowując zatem, podatek naliczony związany z zakupami wykorzystywanymi przez JST zarówno do czynności opodatkowanych podatkiem od towarów i usług, zwolnionych od podatku VAT i niepodlegających opodatkowaniu tym podatkiem nie uprawnia do odliczenia w części, w jakiej związany jest z czynnościami niepodlegającymi ustawie o podatku od towarów i usług oraz z czynnościami zwolnionymi.
Pamiętaj: Prawo do odliczenia przysługuje wyłącznie w takim zakresie, w jakim wydatki można przypisać do opodatkowanej VAT działalności gospodarczej.