Postanowienie o przedłużeniu zwrotu podatku VAT w orzecznictwie NSA

Odpowiedź
Szczególny charakter instytucji dodatkowej weryfikacji (ponad 60 dni) pociąga za sobą obowiązki po stronie organu podatkowego w postaci konieczności należytego i wyczerpującego uzasadnienia stanowiska o potrzebie przedłużenia terminu zwrotu tak, by nie było wątpliwości, że w danej sprawie rzeczywiście istnieje konieczność dokonania dodatkowej weryfikacji zasadności zwrotu różnicy podatku. 

Uzasadnienie 
Pomniejszenie podatku należnego o podatek naliczony jest zależne od związku dokonanego zakupu z czynnościami opodatkowanymi (po stronie sprzedaży). Jak bowiem wskazuje się w treści art. 86 ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług (u.p.t.u.): W zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, podatnikowi, o którym mowa w art. 15, przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, z zastrzeżeniem art. 114, art. 119 ust. 4, art. 120 ust. 17 i 19 oraz art. 124. Różnica na korzyść podatku naliczonego uprawnia czynnego podatnika VAT do:

• zwrotu pośredniego, który polega na pomniejszaniu podatku należnego powstającego jako skutek sprzedaży (co do zasady) w kolejnych miesiącach o podatek naliczony wykazany „do przeniesienia”,
• zwrotu bezpośredniego, czyli zwrotu kasowego ze strony właściwego miejscowo naczelnika urzędu skarbowego.

Jak bowiem wskazuje się w treści art. 87 ust. 1 u.p.t.u.: W przypadku gdy kwota podatku naliczonego, o której mowa w art. 86 ust. 2, jest w okresie rozliczeniowym wyższa od kwoty podatku należnego, podatnik ma prawo do obniżenia o tę różnicę kwoty podatku należnego za następne okresy lub do zwrotu różnicy na rachunek bankowy.
Zwrot bezpośredni (kasowy, na rachunek bankowy) jest korzystnym, w szczególności dla tych czynnych podatników, którzy mają niski poziom finansowania obrotu ze środków własnych, kredytów kupieckich lub kredytów obrotowych. Zwrot tego typu jest jednakże obwarowany różnymi terminami (które mają organom podatkowym dać czas na weryfikację legalności zwrotu), w tym podstawowym terminem 60 dni. W treści art. 87 ust. 1 u.p.t.u. mówi się: Zwrot różnicy podatku, z zastrzeżeniem ust. 5b, 6, 6a i 6d, następuje w terminie 60 dni od dnia złożenia rozliczenia przez podatnika na rachunek bankowy podatnika w banku mającym siedzibę na terytorium kraju albo na rachunek podatnika w spółdzielczej kasie oszczędnościowo-kredytowej, której jest członkiem, wskazany w zgłoszeniu identyfikacyjnym, …. I co najbardziej istotne naczelnikowi urzędu skarbowego przyznano następujące prawo: Jeżeli zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania, naczelnik urzędu skarbowego może przedłużyć ten termin do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika dokonywanej w ramach czynności sprawdzających, kontroli podatkowej, kontroli celno-skarbowej lub postępowania podatkowego. 
Innymi słowy powyższy przepis oznacza, iż jeżeli w ciągu 60 dni od złożenia JPK naczelnik urzędu skarbowego nie zdążył (z różnych powodów) dokonać weryfikacji zasadności zwrotu nadwyżki podatku naliczonego na rachunek czynnego podatnika VAT, to w ramach trzech procedur ma prawo prowadzić (pomijamy tu kontrolę celno-skarbową pozostającą w gestii naczelnika urzędu celno-skarbowego) dodatkową weryfikację zasadności zwrotu. Są to czynności sprawdzające, kontrola podatkowa oraz postępowanie podatkowe. W konsekwencji przepis powyższy powoduje, że np. czynności sprawdzające nie mają żadnego terminu końcowego. Jednocześnie wprowadzono maksymalny termin 3 miesięcy, w którym naczelnik może wstrzymać zwrot nadwyżki podatku naliczonego, gdy takie żądanie zgłosi np. Agencja Bezpieczeństwa Wewnętrznego w związku z prowadzonym śledztwem. 
Naczelnik urzędu skarbowego wydając postanowienie o przedłużeniu terminu zwrotu musi pamiętać, iż:

• aby postanowienie miało moc prawną musi być doręc...