Opodatkowanie/zwolnienie sprzedaży nieruchomości/nakładów, korekta podatku należnego

Stanowisko Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej w indywidualnej interpretacji podatkowej z 6 października 2020 roku, nr 0113-KDIPT1-2.4012.468.2020.2.JS.

Sytuacja Podatnika

Podatnik - Spółka z o.o. jest czynnym podatnikiem VAT wykonującym wyłącznie czynności opodatkowane.  20.02.2020 r. nabyła aktem notarialnym od Sp. z o.o. własność nieruchomości, zabudowaną budynkiem handlowo-usługowym wraz z parkingiem i drogą manewrową. Ustalając cenę sprzedaży strony pomniejszyły wartość nieruchomości o wysokość nakładów poczynionych na tą nieruchomość przez Podatnika, któremu przysługiwało prawo do ich zwrotu. Transakcja ta została opodatkowana VAT przy zastosowaniu stawki 23%, a w podstawie opodatkowania strony ujęły wartość budynku i budowli wraz z gruntem. Strony transakcji rozliczyły wykazany w fakturze podatek odpowiednio jako należny i naliczony.
W dacie zawarcia umowy dzierżawcą tej nieruchomości był Podatnik, który wzniósł budynek wraz z towarzyszącymi mu budowlami na gruncie, który nie był jego własnością, ale którym mógł, na podstawie umowy zawartej ze współwłaścicielami, dysponować na cele budowlane zgodnie z art. 32 ust. 4 ustawy z dn. 7 lipca 1994 r. Prawo budowlane. 20.12.2016 r. dzierżawca zawarł ze sprzedającym umowę dzierżawy gruntu, na którym posadowiony był budynek wraz z parkingiem i drogą manewrową. Roszczenie dzierżawcy o zwrot nakładów na nieruchomość poczynionych na wybudowanie budynku oraz budowli zostało zabezpieczone hipoteką wpisaną do wskazanej wyżej księgi wieczystej.
Sprzedawca nabył tą nieruchomość obciążoną roszczeniem dzierżawcy o zwrot nakładów od poprzednich właścicieli aktem notarialnym z 21.11.2016 r., przed uzyskaniem przez dzierżawcę pozwolenia na użytkowanie. Współwłaściciele, od których nieruchomość nabył sprzedający byli osobami fizycznymi, a nieruchomość wchodziła do ich majątku prywatnego, transakcja nie podlegała VAT.
Dzierżawca rozliczył podatek naliczony od nabycia towarów i usług wykorzystanych przy budowie budynku oraz budowli. Nie wykorzystywał budynku wraz z infrastrukturą towarzyszącą na potrzeby własnej działalności, ale jeszcze w grudniu 2016 r. oddał w najem, a czynność ta była opodatkowana  VAT. Z tytułu usług najmu wystawiał faktury, a wykazany w nich podatek rozliczał jako należny. Od dnia uzyskania pozwolenia na użytkowanie dzierżawca nie dokonywał w budynku ani budowlach nakładów, które winny być uznane za ulepszenie w rozumieniu przepisów o podatku dochodowym.
2.02.2020 r. Podatnik nabył od dzierżawcy nakłady poczynione na wybudowanie budynku oraz parkingu i drogi dojazdowej. Również ta transakcja została przez strony opodatkowana VAT wg stawki 23%, a podstawą opodatkowania była wartość budynku i budowli zakwalifikowanych jako nakłady na cudzym gruncie. 
4.03.2020 r. Podatnik sprzedał umową zawartą w formie aktu notarialnego zarówno grunt jak i znajdujące się na nim budynek i budowle podmiotow, będącemu dotychczasowym najemcą. Transakcja została opodatkowana wg stawki 23%. Strony transakcji rozliczyły wykazany w fakturze podatek odpowiednio jako należny i naliczony. 

Stanowisko Dyrektora

1. Zgodnie z art. 5 ust. 1 pkt 1 ustawy o podatku od towarów i usług, opodatkowaniu VAT podlegają odpłatna dostawa towarów i odpłatne świadczenie usług na terytorium kraju.
   Kwestię opodatkowania dostawy gruntu, na którym posadowione zostały budynki lub budowle, rozstrzyga przepis art. 29a ust. 8 ustawy, zgodnie z którym w przypadku dostawy budynków lub budowli trwale z gruntem związanych albo części takich budynków lub budowli z podstawy opodatkowania nie wyodrębnia się wartości gruntu 
   Dyrektor stwierdził, iż przedmiotem dokonanej przez sprzedającego na rzecz Podatnika w dniu 20.02.2020 r. dostawy nieruchomości był wyłącznie grunt, stanowiący działkę nr 1, którego dostawa powinna być opodatkowana podatkiem VAT na podstawie art. 5 ust. 1 pkt 1 ustawy.
2. Przez świadczenie usług, o którym mowa w art. 5 ust. 1 pkt 1 – stosownie do art. 8 ust. 1 ustawy – rozumie się każde świadczenie na rzecz osoby fizycznej, osoby prawnej lub jednostki organizacyjnej niemającej osobowości prawnej, które nie stanowi dostawy towarów w rozumieniu art. 7 (…). 
   Dyrektor uznał, że odpłatna czynność zbycia przez dzierżawcę na rzecz Podatnika w dniu 20.02.2020 r. nakładów poniesionych na wybudowanie budynku handlowo-usługowego wraz z parkingiem i drogą manewrową stanowiła odpłatne świadc...